Существует проблема эффективности антимикробной химиотерапии, которая состоит в преодолении естественного барьера - антибиотикорезистентности патогентных микроорганизмов (факторе, определяющий выбор антимикробных химиопрепаратов), а также в воздействии комменсальной микрофлоры. Эта проблема зарегистрирована в отношении стафилококков, энтерококков, уропатогенных бактерий, анаэробов и др.

Клинические последствия неадекватной химиотерапии очень серьезные. Летальных исходов при антимикробной химиотерапии очень много. Если микроорганизмы не чувствительны к антимикробным химиопрепаратам, то время для торможения развития патологии упущено и у пациента становится меньше шансов на резистентность. Например, антимикробная химиотерапия ВИЧ-больных сталкивается с резистентностью пневмококковой бактерии к пенициллину, что приводи к высокому объективному уровню летальных исходов.

Качество антимикробной химиотерапии зависит от знания различных аспектов инфекционной патологии. При назначении антибиотиков должно учитываться влияние таких факторов, как свойства макроорганизма, его вирулентность, фармакокинетика и фармакодинамика применяемых препаратов. При тяжелых инфекциях решающее значение имеет наличие  в микробиологических лабораториях современного оборудования для точного определения вида инфекции и их чувствительности к антибиотикам.

Важный фактор, определяющий качество антимикробной химиотерапии, – тесное взаимодействие с микробиологической лабораторией, обеспечивающее полноценный диагностический процесс, начиная от запроса на проведение исследований и заканчивая интерпретацией данных и практическим использованием результатов. Это обусловлено тем, что при тяжелых инфекциях фактически всегда имеется лихорадка. Определить, нуждается ли лихорадящий пациент в назначении антибиотиков, врачу помогают знания различных аспектов инфекционных болезней и использование современного оборудования микробиологических лабораторий.

В последнее время появляется все больше сообщений о том, что в качестве специфического маркера тяжелых бактериальных инфекций в некоторых группах населения как у детей, так и у взрослых может использоваться прокальцитонин. Тщательный отбор пациентов, действительно нуждающихся в антибактериальной химиотерапии, особенно необходим в амбулаторной практике при часто встречающихся инфекциях. Так, неоправданно широкое применение антибиотиков для лечения инфекций верхних дыхательных путей у детей часто вызвано ошибочным убеждением врачей в том, что слизисто-гнойные выделения из носа являются бесспорным свидетельством наличия бактериальной инфекции. К сожалению, при лечении детей тактика врача часто изменяется под давлением родителей, требующих назначения антибиотиков даже в тех случаях, когда он убежден в неоправданности их применения.

Сложность проблемы антимикробной химиотерапии больных с тяжелой инфекцией состоит в том, что она почти всегда начинается тогда, когда возбудитель неизвестен или не определена его чувствительность к антибиотикам. Эмпирическая химиотерапия в большинстве случаев проводится высокими дозами антибиотиков широкого спектра действия или комбинацией препаратов. Рациональный выбор может быть лишь в том случае, если врач имеет представление о наиболее частых возбудителях данной инфекции и их чувствительности к антибиотикам.

Токсичность (аллергия): существует ли альтернатива меньшей токсичности? Большинство антимикробных химиопрепаратов выделяются почками. Поэтому для химиопрепаратов с узким терапевтическим диапазоном, например  аминогликозидов, у пациентов с нарушенной функцией почек обязательной является коррекция режима дозирования. У пациентов с почечной недостаточностью желательно избегать применения  аминогликозидов для длительной терапии. Смена эмпирически выбранного антибиотика на препарат с более узким спектром действия, активного в отношении выделенного возбудителя, – традиционная стратегия инфекционистов. Ее логическим обоснованием является предотвращение селективного давления препаратами широкого спектра действия, но это предположение пока не доказано перспективными исследованиями.  Некоторые возбудители еще сохраняют чувствительность к старым препаратам с узким спектром антимикробного действия. Например, инфекции, вызванные стрептококками группы А, по-прежнему можно лечить препаратами  пенициллина.

Выбор оптимальных сроков продолжительности антимикробной химиотерапии большинства инфекционных болезней определяется длительностью назначения антибиотиков  при распространенных инфекциях и часто основывается на сформировавшихся традициях. По результатам исследования, проведенного в 1991г. в Европе, оказалось, что средняя продолжительность антибиотикотерапии была самой короткой в Великобритании (8 дней) и наиболее длительной во Франции (12 дней). В России срок - 10 дней.

Врачам следует отказаться от применения антибиотиков в тех случаях, когда нет убедительных доказательств их преимущества, а также когда имеется возможность выбора. Поэтому шире должны поддерживаться исследования, разрабатывающие эффективные альтернативные схемы лечения, в которые не входят антибиотики. Оптимальным решением, позволяющим уменьшать объем используемых антибиотиков и тем самым решать проблему селективного давления, является применение более коротких курсов лечения. С учетом этих данных следует с осторожностью применять такие препараты, как азитромицин и тейкопланин, имеющие длительный период полувыведения и в связи с этим сохраняющиеся в тканях в низких концентрациях еще в течение нескольких дней после их отмены.